Em fevereiro de 2005, o iPod mini de segunda geração veio ao mercado com um novo modelo de 6 GB e um modelo atualizado de 4 GB . Mais notavelmente, ambos modelos apresentavam uma duração de bateria de até 18 horas. Além disso, também ganharam cores mais ricas (apesar da Apple ter cancelado o modelo dourado) e outras pequenas mudanças (a cor dos caracteres na roda clicável agora são da mesma cor do modelo do iPod mini). Além disso, os iPods mini de segunda geração não incluíam o adaptador elétrico ou o cabo FireWire, coisas que acompanhavam os modelos anteriores. A segunda geração foi a última da história do iPod mini e também a última da série de players reduzidos iPod a usar disco rígido para armazenamento, tecnologia substituída por memórias flash.